Thành lập từ tháng 8/1991, tiền thân của Trường THCS Nguyễn Trãi là Trường chuyên Văn - Toán, thị xã Sơn La (nay là thành phố Sơn La), có nhiệm vụ phát hiện và bồi dưỡng học sinh giỏi cấp THCS của thị xã. Kế thừa và phát huy truyền thống, nhà trường thường xuyên đẩy mạnh phong trào thi đua “Dạy tốt - Học tốt”. Tích cực đổi mới phương pháp dạy học và kiểm tra đánh giá theo hướng phát huy tính tích cực, chủ động và tinh thần tự học của học sinh; nâng cao kỹ năng thực hành, vận dụng kiến thức vào giải quyết các tình huống thực tiễn.

Đội ngũ giáo viên được nhà trường quan tâm bồi dưỡng, vững về chuyên môn nghiệp vụ, vận dụng hiệu quả các sáng kiến trong quản lý dạy và học. Hiện nay, nhà trường có 46 cán bộ, giáo viên tham gia giảng dạy; 100% số cán bộ, giáo viên đạt chuẩn đào tạo trình độ từ đại học trở lên và được xếp loại giờ dạy giỏi; trong đó, 93,5 % số giáo viên giỏi cấp tỉnh, 6,5% số giáo viên dạy giỏi cấp Thành phố.

Cô giáo Trần Thị Thu Thủy, Hiệu trưởng, cho biết: Song song với đào tạo nâng cao chất lượng giáo dục đại trà, công tác phát hiện, bồi dưỡng học sinh giỏi các bộ môn luôn được nhà trường chú trọng, coi đây là một trong những mục tiêu trọng tâm. Trong đó, tập trung xây dựng và duy trì đội tuyển học sinh giỏi các bộ môn, ngay từ đầu cấp học, vận động học sinh lớp 6 tự đăng ký môn học năng khiếu theo năng lực bản thân. Phân công giáo viên có kinh nghiệm, phù hợp với năng lực, trình độ tổ chức ôn luyện nâng cao cho học sinh đăng ký môn năng khiếu. Tổ chức các cuộc thi để sàng lọc học sinh giỏi các bộ môn; khuyến khích học sinh đăng ký dự thi các cuộc thi trực tuyến qua mạng internet để cọ sát, trải nghiệm. Hằng năm, nhà trường thành lập 26-30 đội tuyển học sinh giỏi các bộ môn: toán, lý, hóa, sinh, văn, sử, địa, tiếng Anh từ khối  lớp 6 đến 9; mỗi đội tuyển từ 10-25 học sinh tùy bộ môn.

Điểm mới trong đào tạo học sinh giỏi bộ môn là nhà trường đã phân cặp giáo viên, gồm 1 giáo viên có kinh nghiệm ôn luyện học sinh giỏi nhiều năm và giáo viên trẻ năng động, sáng tạo, tiếp cận nhanh với công nghệ thông tin cùng phối hợp bồi dưỡng học sinh giỏi khối lớp 8, 9. Qua đó, đã phát huy năng lực, sở trường của các giáo viên trong giảng dạy, học sinh được tiếp cận đa dạng phương pháp học tập khác nhau, nâng cao hiệu quả chất lượng đào tạo, bồi dưỡng học sinh giỏi.

Cô giáo Đoàn Minh Hà, giáo viên ôn luyện học sinh giỏi môn toán khối lớp 8, 9 chia sẻ: Khối lượng kiến thức dành cho học sinh lớp 8, 9 rộng, một giáo viên ôn tập, bồi dưỡng kiến thức nâng cao cho học sinh rất vất vả. Từ khi nhà trường phân công 2 giáo viên cùng phụ trách ôn tập, bồi dưỡng học sinh giỏi bộ môn, giáo viên chúng tôi đã cùng nhau bàn bạc, lên kế hoạch bù đắp kiến thức cho học sinh, hỗ trợ nhau trong chuyên môn nghiệp vụ, dành thêm thời gian để nghiên cứu các chuyên đề chuyên sâu, có thời gian tự nghiên cứu tài liệu, học hỏi nâng cao kiến thức chuyên môn, học sinh được tiếp thu kiến thức qua phương pháp giảng dạy mới, giúp các em hứng thú hơn trong học tập. 

Tham gia đội tuyển học sinh giỏi toán của nhà trường từ năm học đầu cấp, em Nguyễn Thị Kiều Trang, học sinh lớp 9A3, chia sẻ: Tham gia các buổi bồi dưỡng cùng đội tuyển ngoài giờ học chính khóa, chúng em được các thầy, cô hướng dẫn, gợi ý phương pháp giải nâng cao và giải đáp mọi thắc mắc của chúng em, hỗ trợ qua nhóm zalo, trả lời trực tuyến qua phòng học zoom... Qua đó, giúp chúng em nâng cao kiến thức và đạt thành tích cao khi tham gia các kỳ thi học sinh giỏi các cấp. Năm học 2022-2023 này, em đoạt giải nhất kỳ thi học sinh giỏi toán cấp thành phố và cấp tỉnh.

Với những nỗ lực của thầy và trò Trường THCS Nguyễn Trãi, chất lượng giáo dục mũi nhọn được nâng lên rõ rệt; số học sinh đoạt giải cao tại các kỳ thi học sinh giỏi các cấp năm sau luôn cao hơn năm trước. Hai năm học qua, có 114 lượt học sinh đoạt giải kỳ thi học sinh giỏi cấp thành phố; trong đó có 10 giải nhất, 35 giải nhì, 33 giải ba, 36 giải khuyến khích; 91 lượt học sinh đoạt giải kỳ thi học sinh giỏi cấp tỉnh, trong đó 11 giải nhất, 32 giải nhì, 21 giải ba và 27 giải khuyến khích. Đoạt 1 giải nhất thi Khoa học kỹ thuật cấp thành phố; 160 giải các cuộc thi trên Internet cấp thành phố; đoạt 6 giải vàng, 2 giải bạc và 3 giải khuyến khích thi giải toán quốc tế SEAMO, TIMO, FISO, AMC...

Ghi nhận thành tích trên, Trường THCS Nguyễn Trãi luôn giữ vững vị thế trường chất lượng cao của Thành phố; năm 2009 được Chủ tịch nước tặng Huân chương Lao động hạng Ba; năm học 2021-2022, Thủ tướng Chính phủ tặng Cờ thi đua xuất sắc dẫn đầu phong trào thi đua; Bộ Giáo dục và Đào tạo, UBND tỉnh Sơn La tặng nhiều bằng khen...