Trên địa bàn tỉnh đã hình thành các vùng sản xuất tập trung, như: Trồng xoài, nhãn tại huyện Yên Châu, Mai Sơn, Mường La, Sông Mã; cây mận hậu tại huyện Mộc Châu, Yên Châu, Vân Hồ; cây chuối ở huyện Mường La, Yên Châu, Thuận Châu; cây na huyện Mai Sơn, Mộc Châu; cây ăn quả có múi ở các huyện Mai Sơn, Phù Yên, Sốp Cộp.

 Với khí hậu nhiệt đới, điều kiện thời tiết 4 mùa và cây trồng đa dạng, nên sâu, bệnh gây hại trên các loại cây ăn quả diễn biến phức tạp. Trong 5 năm (2020-2025), toàn tỉnh có hơn 7.600 ha cây ăn quả bị nhiễm sinh vật gây hại, trong đó 269 ha bị nhiễm nặng. Chủ yếu là sâu đục thân, cành, bọ vòi voi đục cành, đục quả, ruồi đục quả, bệnh thán thư trên cây xoài; bọ xít nâu, sâu đục cuống quả, rầy chổng cánh vân nâu trên cây nhãn; sâu vẽ bùa, nhện đỏ trên cây ăn quả có múi; rệp muội, bệnh chảy gôm trên cây mận… Những bệnh phổ biến này làm rụng hoa, rụng quả non. Bệnh lây lan, phát triển nhanh khi trời mưa nhiều, độ ẩm không khí cao.

Nông dân trong tỉnh đã áp dụng một số biện pháp phòng trừ sâu bệnh hại, như: Sử dụng thuốc bảo vệ thực vật (BVTV), áp dụng biện pháp canh tác khoa học, diệt trừ cỏ dại, sử dụng thuốc trừ sâu sinh học… Trong đó, sử dụng thuốc BVTV là phương pháp phổ biến nhất bởi hiệu quả cao, diệt sâu bệnh hại nhanh chóng. Tuy nhiên, người dân đã sử dụng với liều lượng cao, tần suất lớn; chưa tuân thủ đúng các nguyên tắc, thời gian cách ly sử dụng nên không đảm bảo vệ sinh an toàn thực phẩm, gây ô nhiễm môi trường, ảnh hưởng tới sức khỏe người lao động và những sinh vật có lợi.

Đảm bảo phát triển cây ăn quả theo hướng bền vững, ngành nông nghiệp đã triển khai nhiều giải pháp phòng trừ sâu bệnh hại cho diện tích cây ăn quả. Các cơ quan chức năng tăng cường công tác kiểm tra, dự báo sâu bệnh; theo dõi chặt chẽ diễn biến của thời tiết; thông báo nhanh tình hình sâu bệnh đến các hộ nông dân để chủ động phòng trừ kịp thời. Khuyến khích các hợp tác xã, hộ dân áp dụng các tiêu chuẩn nông nghiệp sạch và hữu cơ, kỹ thuật canh tác tiên tiến, ứng dụng công nghệ cao vào sản xuất, giảm thiểu sử dụng thuốc BVTV hóa học. Đến nay, toàn tỉnh có 101 cơ sở áp dụng quy trình thực hành sản xuất nông nghiệp tốt VietGAP còn hiệu lực.

Cùng với đó, phòng nông nghiệp và phát triển nông thôn của các huyện, thành phố phối hợp với trung tâm dịch vụ nông nghiệp huyện, các xã tăng cường tổ chức các lớp tập huấn cung cấp kiến thức về các loại sâu bệnh hại; các biện pháp phòng trừ đối với từng loại sâu bệnh; lựa chọn và cách sử dụng các loại thuốc BVTV an toàn. Tuyên truyền, vận động nhân dân áp dụng quy trình chăm sóc quản lý phòng trừ dịch hại tổng hợp trong sản xuất và thu hoạch sản phẩm cây ăn quả. 

Bên cạnh hướng dẫn người dân sử dụng thuốc BVTV theo nguyên tắc "4 đúng", các cơ quan, đơn vị chuyên môn, lực lượng chức năng tích cực tuyên truyền các cơ sở kinh doanh chấp hành đúng quy định của pháp luật, như: Kinh doanh hàng hóa có nguồn gốc xuất xứ; niêm yết thông tin giá, loại hàng rõ ràng không gây nhầm lẫn cho khách hàng. Tăng cường kiểm tra, kiểm soát các cơ sở sản xuất, kinh doanh thuốc BVTV để kịp thời phát hiện, ngăn chặn và xử lý nghiêm đối với các trường hợp vi phạm.

Hướng tới sản xuất an toàn sinh học, các hộ dân trên địa bàn tỉnh đã và đang thực hiện nhiều biện pháp phòng trừ sâu bệnh hại trên cây ăn quả đúng nguyên tắc. Từ đó, tăng giá trị sản phẩm quả, nâng cao thu nhập cho nông dân, góp phần thúc đẩy phát triển nông nghiệp lâu dài, bền vững.