Ngày đầu thành lập, Bệnh viện chỉ có 30 giường bệnh, cơ sở vật chất còn rất khó khăn và thiếu thốn. Do tính chất công việc cũng khá đơn giản nên số lượng cán bộ chỉ có 25 người. Tuy vậy, đơn vị vẫn có đầy đủ các tổ chức như Chi bộ, Công đoàn, Chi đoàn thanh niên, Chi hội chữ thập đỏ. Công đoàn cơ sở chia thành 4 tổ: Tổ Công đoàn Phòng Tổ chức Hành chính kế toán, Tổ Công đoàn Khoa Lâm sàng, Tổ Công đoàn khoa Cận lâm sàng và Tổ Công đoàn Khoa Dinh dưỡng. Mặc dù số lượng đoàn viên không nhiều, nhưng các hoạt động của Công đoàn khá mạnh.

50 năm qua, với sự phát triển và trưởng thành của Bệnh viện, cơ cấu tổ chức đã hoàn chỉnh theo mô hình một Bệnh viện chuyên khoa phục hồi chức năng, được Bộ Y tế đánh giá là một trong những bệnh viện đứng đầu khu vực Tây Bắc. Từ một Công đoàn cơ sở có 25 đoàn viên và 4 tổ công đoàn, đến nay Công đoàn Bệnh viện Phục hồi chức năng đã có 115 đoàn viên, sinh hoạt trong 17 tổ công đoàn. BCH Công đoàn đã phối hợp chặt chẽ với Ban Giám đốc và các đoàn thể Bệnh viện trong việc vận động đội ngũ cán bộ, CNVCLĐ tích cực tham gia các phong trào thi đua yêu nước, lao động giỏi, lao động sáng tạo, không ngừng nâng cao chất lượng chẩn đoán, điều trị. Nhiều cán bộ, đoàn viên Công đoàn không chỉ giỏi về chuyên môn mà còn là tấm gương sáng về đạo đức, lối sống, hăng hái tham gia vào các hoạt động xã hội. Các phong trào thi đua được duy trì thường xuyên liên tục giữa các khoa, phòng và trở thành thế mạnh truyền thống, bề dày thành tích của Bệnh viện.

Ban Chấp hành Công đoàn luôn bám sát sự lãnh đạo, chỉ đạo của cấp ủy, thường xuyên đẩy mạnh việc học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh; phong trào lao động giỏi, lao động sáng tạo, áp dụng công nghệ, kỹ thuật điều trị mới, tiên tiến, nâng cao chất lượng khám và chữa bệnh cho bệnh nhân. Bên cạnh đó, BCH Công đoàn thường xuyên phối hợp với chuyên môn, các đoàn thể trong cơ quan, đẩy mạnh công tác tuyên truyền giáo dục, vận động cán bộ, đoàn viên, lao động thực hiện tốt văn hóa giao tiếp, ứng xử trong đơn vị; hết lòng vì người bệnh, tạo sự chuyển biến mạnh mẽ trong công tác thi đua, từng bước đẩy lùi các tiêu cực, góp phần nâng cao chất lượng khám, chữa bệnh. Ngoài ra, Ban Chấp hành Công đoàn luôn quan tâm tạo mọi điều kiện để Ban nữ công hoạt động, trọng tâm là tổ chức, vận động nữ đoàn viên lao động thực hiện phong trào thi đua “Giỏi việc nước, đảm việc nhà” gắn với công tác bình đẳng giới, phong trào “Phụ nữ tích cực học tập, lao động sáng tạo, xây dựng gia đình hạnh phúc”, góp phần quan trọng để cán bộ nữ hoàn thành nhiệm vụ được giao.

Phát huy truyền thống 50 năm, Công đoàn Bệnh viện Phục hồi chức năng Sơn La tiếp tục thực hiện tốt vai trò chức năng, tập hợp và đẩy mạnh các phong trào thi đua yêu nước trong CNVCLĐ, góp phần xây dựng Bệnh viện phát triển toàn diện, hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ chính trị được Đảng và nhân dân giao cho.