Các đội trong từng bảng sẽ thi đấu vòng tròn một lượt tính điểm xếp hạng, chọn ra 6 đội xếp nhất, nhì của 3 bảng, 1 đội thứ ba có thành tích tốt nhất. Cùng với đội đăng cai vòng chung kết là 8 đội sẽ thi đấu vòng chung kết.

Trường hợp đội bóng đại diện nơi đăng cai vòng chung kết có mặt trong nhóm 7 đội có thành tích tốt nhất vòng loại thì đội thứ ba có thành tích phụ tốt thứ nhì của 3 bảng sẽ giành quyền lọt vào chung kết. 

Địa điểm thi đấu của Giải U21 vô địch quốc gia 2021 là Trung tâm Đào tạo Bóng đá trẻ PVF (Hà Nội). Vòng chung kết dự kiến diễn ra từ ngày 16/12 đến 25/12.

Có thể nói, vòng loại lần này sẽ vô cùng gay cấn. 5 lượt đấu của mỗi đội đều là 5 trận chiến đầy thử thách, đó sẽ không chỉ đơn thuần là cuộc cạnh tranh ngôi thứ lọt vào vòng chung kết, mà còn là cơ hội để cho các cầu thủ trẻ được cọ xát, tích lũy thêm kinh nghiệm.

Đồng thời, Liên đoàn Bóng đá Việt Nam qua đó có thể phát hiện thêm những tài năng mới, bổ sung lực lượng cho đội tuyển U23 Việt Nam, nhằm chuẩn bị cho các nhiệm vụ quốc tế trong năm 2022 như: SEA Games 31 (dự kiến diễn ra vào tháng 5), Vòng chung kết U23 châu Á (tháng 6) và Asiad Hàng Châu (tháng 9).

Liên quan đến công tác chuẩn bị cho giải đấu, ngày 16/11, Liên đoàn Bóng đá Việt Nam và Ban Tổ chức Giải cùng với đại diện địa phương đăng cai vòng chung kết cũng đã có cuộc họp rà soát công tác chuẩn bị. Nhất là các điều kiện phòng, chống Covid-19 để Giải có thể tiến hành thuận lợi và bảo đảm an toàn.

Kết quả bốc thăm

Bảng A: Hà Nội - Đông Á Thanh Hóa - Hoàng Anh Gia Lai - Khánh Hòa - Gia Định - Đồng Nai.

Bảng B: PVF Hưng Yên - Nam Định - SHB Đà Nẵng - Thừa Thiên Huế - TP Hồ Chí Minh - Đồng Tháp.

Bảng C: Viettel - Sông Lam Nghệ An - Học viện NutiFood - Becamex Bình Dương -  Quảng Nam - Bến Tre.