Hiệp hai diễn ra cởi mở hơn khi cả hai đội đều quyết định đẩy cao đội hình để tìm bàn thắng. Thành phố Hồ Chí Minh là đội vươn lên dẫn trước ở phút 74. Từ pha phối hợp tấn công bóng bổng, Huỳnh Như đã có pha đánh đầu chuyền bóng khá tinh tế để Bích Thùy băng lên dứt điểm vào góc xa, mở tỉ số 1 – 0 cho các cô gái chủ nhà. Ngay sau bàn thua, các học trò của huấn luyện viên Văn Thị Thanh vùng lên mạnh mẽ nhằm tìm kiếm bàn gỡ, nhưng nỗ lực của Phong Phú Hà Nam đều bất thành trước hàng phòng ngự khá chắc chắn của Thành phố Hồ Chí Minh và đành chấp nhận thất bại 0 – 1.

Ở trận bán kết trước đó, đội dẫn đầu bảng xếp hạng Hà Nội I chạm trán đội xếp thứ tư là Than khoáng sản Việt Nam. Trước đối thủ được đánh giá thấp hơn, các cô gái đến từ Thủ đô không gặp nhiều khó khăn để áp đặt thế trận. Sau 90 phút, Hà Nội I đã nhẹ nhàng vượt qua Than khoáng sản Việt Nam với tỉ số 2 – 0. Cả hai bàn thắng đều được ghi bởi cầu thủ Phạm Hải Yến ở phút thứ 7 và 42.

Các cầu thủ Hà Nội I (áo trắng) đã xuất sắc có mặt ở 
trận chung kết sau trận thắng tại Bán kết 1. 

Với kết quả này, Hà Nội I sẽ gặp đương kim vô địch Thành phố Hồ Chí Minh I trong trận đấu cuối cùng của giải. Phong Phú Hà Nam và Than khoáng sản Việt Nam nhận đồng hạng ba chung cuộc. Trận chung kết và lễ trao giải sẽ diễn ra lúc 16 giờ ngày 17/9 trên Sân vận động Thống Nhất.

Giải bóng đá nữ vô địch quốc gia năm 2016 có 8 đội tranh tài gồm: Thành phố Hồ Chí Minh I, Thành phố Hồ Chí Minh II, Hà Nội I, Hà Nội II, TNG Thái Nguyên, Phong Phú Hà Nam, Than khoáng sản Việt Nam, Sơn La. Các đội thi đấu vòng tròn hai lượt tính điểm, chọn 4 đội đầu bảng vào bán kết. Lượt đi diễn ra tại Hà Nam từ ngày 9 – 30/5; lượt về và các trận bán kết, chung kết diễn ra tại Thành phố Hồ Chí Minh từ ngày 22/8 – 17/9./.