Tuy nhiên, khi thời hạn được áp dụng trở lại đang đến gần, nhiều doanh nghiệp và hiệp hội ngành hàng vẫn còn không ít băn khoăn và có kiến nghị về việc triển khai các quy định liên quan nhằm bảo đảm ổn định chuỗi cung ứng thực phẩm.

Mới đây, Bộ Y tế cũng đã đề nghị doanh nghiệp, tổ chức hoạt động trong lĩnh vực thực phẩm chủ động, khẩn trương chuẩn bị hồ sơ và các điều kiện cần thiết để triển khai các quy định mới.

Lo ngại nguy cơ tiếp tục ùn tắc

Anh Huỳnh Quốc Kiệt, đại diện Công ty Trách nhiệm hữu hạn Cầm Hoa, ấp Dinh Bà, xã Tân Hộ Cơ, tỉnh Đồng Tháp cho biết: Tại Cửa khẩu quốc tế Dinh Bà (tỉnh Đồng Tháp) trong thời gian tạm ngưng hiệu lực và điều chỉnh thời hạn áp dụng Nghị định số 46/2026/NĐ-CP, hoạt động xuất, nhập khẩu diễn ra thuận lợi, bảo đảm thời gian vận chuyển hàng hóa. Nhưng, công ty bắt đầu lo ngại về những vướng mắc có thể phát sinh sau ngày 15/4.

Do công ty thường xuyên nhập khẩu các mặt hàng nông sản tươi như sen, xoài, thốt nốt từ Campuchia cho nên nếu phải thực hiện đầy đủ quy trình kiểm tra an toàn thực phẩm theo quy định mới thì thời gian thông quan có thể kéo dài.

Với đặc thù nông sản tươi, chỉ cần chậm thông quan từ 3 ngày trở lên đã phát sinh nhiều chi phí như lưu kho, bốc dỡ, đồng thời làm tăng nguy cơ suy giảm chất lượng sản phẩm.

Bên cạnh đó, nhiều doanh nghiệp nhập khẩu nông sản khác cũng lo ngại các thủ tục liên quan công bố, đăng ký sản phẩm… sẽ khiến quy trình nhập khẩu kéo dài hơn so với trước đây, bởi Nghị định số 46/2026/NĐ-CP quy định sản phẩm thực phẩm, bao gồm cả phụ gia, chất hỗ trợ chế biến, bao bì và dụng cụ tiếp xúc trực tiếp với thực phẩm đều phải thực hiện thủ tục đăng ký công bố hợp quy.

Cũng về vấn đề này, Hiệp hội Doanh nghiệp châu Âu tại Việt Nam (EuroCham) cho rằng, Nghị định số 46/2026/NĐ-CP sẽ làm gia tăng mạnh mức độ và tầng nấc kiểm soát, hệ quả là thời gian thông quan kéo dài, nguy cơ tiếp tục xảy ra ùn tắc rất lớn, nhất là với thực phẩm tươi sống không thể chờ 9 đến 10 ngày kiểm nghiệm.

Theo đó, cần cải cách thủ tục hành chính theo hướng chỉ đưa ra các thủ tục mới nếu chứng minh được hiệu quả trong cải thiện an toàn thực phẩm và không làm đứt gãy chuỗi sản xuất, kinh doanh.

Việc quản lý an toàn thực phẩm cần theo kinh nghiệm của quốc tế là quản lý theo hệ thống với các tiêu chuẩn rõ ràng từ trang trại đến bàn ăn; đưa ra các quy định cụ thể về nuôi trồng, cung cấp thực phẩm tươi sống…; tăng cường áp dụng các tiêu chuẩn quốc tế như HACCP, ISO, GMP cho thực phẩm chế biến; số hóa và thống nhất dữ liệu giữa các cơ quan quản lý để nâng cao hiệu quả kiểm tra, truy xuất nguồn gốc.

Chuyển mạnh sang quản lý rủi ro, tăng hậu kiểm thực chất

Đối với ngành hàng cụ thể như gia vị, bà Hoàng Thị Liên, Chủ tịch Hiệp hội Hồ tiêu và Cây gia vị Việt Nam cho biết: Đây là ngành hàng với các nhóm sản phẩm thực vật khô, rủi ro an toàn thực phẩm thấp, đã được thương mại hóa toàn cầu trong thời gian dài; hàng hóa thường được giao dịch qua thương nhân, kho trung chuyển và tái xuất; nhiều quốc gia không cấp Giấy chứng nhận ATTP/Health Certificate cho gia vị khô dù sản phẩm vẫn đáp ứng tiêu chuẩn quốc tế.

Do đó, việc áp dụng đồng loạt các cơ chế quản lý thiết kế cho thực phẩm rủi ro cao đối với hồ tiêu và gia vị khô có nguy cơ không phù hợp với thông lệ quốc tế và thực tiễn thương mại.

Về quy định tất cả các cơ sở sản xuất, kinh doanh thực phẩm phải có giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm khi hoạt động, Tổng Thư ký Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu thủy sản Việt Nam (VASEP) Nguyễn Hoài Nam cho rằng, yêu cầu này dễ dẫn đến nguy cơ tắc nghẽn thực phẩm nhập khẩu do các nhà sản xuất ở nước ngoài không thể có được giấy chứng nhận này của Việt Nam mà chỉ có các chứng chỉ được quốc tế công nhận như ISO, HACCP, GMP cho nên không thể nhập khẩu hàng vào Việt Nam được.

Mặt khác, yêu cầu này cũng gây khó cho doanh nghiệp trong nước đã áp dụng các tiêu chuẩn quốc tế được thế giới công nhận rộng rãi nhưng vẫn phải xin thêm Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm.

Theo bà Lý Kim Chi, Chủ tịch Hiệp hội Lương thực Thực phẩm Thành phố Hồ Chí Minh, cả Nghị định số 46/2026/NĐ-CP và Nghị quyết số 66.13/2026/NQ-CP đều giao thêm một khối lượng công việc rất lớn cho các cơ quan chuyên môn tại tỉnh, thành phố.

Điều này không chỉ làm tăng số lượng thủ tục, mà còn tăng mạnh yêu cầu về chuyên môn sâu, nhân lực có chứng chỉ, phòng kiểm nghiệm đạt chuẩn và quy trình phối hợp liên ngành.

Nếu lực lượng thực thi bị quá tải, doanh nghiệp sẽ tiếp tục là bên gánh chịu hệ quả dưới dạng kéo dài thời gian xử lý hồ sơ, ảnh hưởng sản xuất, kinh doanh và gia tăng chi phí tuân thủ.

Vì vậy, cần khẩn trương rà soát và sửa đổi một cách căn cơ Nghị định số 46/2026/NĐ-CP và Nghị quyết số 66.13/2026/NQ-CP. Trọng tâm sửa đổi phải chuyển mạnh sang quản lý rủi ro, tăng hậu kiểm thực chất, giảm các thủ tục tiền kiểm hình thức.

Về dài hạn, cần ưu tiên đẩy nhanh việc xây dựng Luật An toàn thực phẩm (sửa đổi) và xây dựng hệ thống nghị định hướng dẫn đồng bộ, ổn định.

Trước những vướng mắc nêu trên, Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) đã kiến nghị Chính phủ xem xét kéo dài thời gian tạm ngưng hiệu lực của Nghị định số 46/2026/NĐ-CP và Nghị quyết số 66.13/2026/NQ-CP cho đến khi Luật An toàn thực phẩm (sửa đổi) được Quốc hội thông qua và có hiệu lực, đồng thời tiếp tục áp dụng Nghị định số 15/2018/NĐ-CP làm cơ sở pháp lý trong giai đoạn chuyển tiếp.

Nghị định số 46/2026/NĐ-CP và Nghị quyết số 66.13/2026/NQ-CP sẽ được thay thế bằng văn bản quy định chi tiết hướng dẫn thi hành Luật An toàn thực phẩm mới, bảo đảm tính đồng bộ, nhất quán và hiệu quả.

Theo VCCI, đây là phương án được đa số doanh nghiệp và hiệp hội ngành hàng đồng thuận cao, phù hợp với thực tiễn và tránh tạo ra bất ổn pháp lý không cần thiết.