Bộ phận “Một cửa” được thực hiện đồng bộ từ Văn phòng Cục Thuế đến chi cục thuế các huyện, thành phố.

Hệ thống quản lý thuế được chuyên môn hóa và chuyên sâu đảm bảo theo 4 chức năng chính, đó là: Tuyên truyền và hỗ trợ NNT; hướng dẫn quản lý kê khai và kế toán thuế; quản lý thu nợ và cưỡng chế nợ thuế; thanh tra kiểm tra và xử lý vi phạm về thuế. 

Để phù hợp với mô hình quản lý thuế theo chức năng, từ năm 2007, Cục Thuế đã thành lập bộ phận “một cửa” tại Cục Thuế, 12 Chi cục Thuế các huyện, thành phố và thực hiện theo quy trình tiếp nhận, giải quyết thủ tục hành chính thuế của người nộp thuế. Bộ phận một cửa là đầu mối duy nhất để tiếp xúc trực tiếp với người nộp thuế, do đó đã giảm thiểu tình trạng người nộp thuế phải tiếp xúc trực tiếp với cơ quan chức năng; giảm được những tiêu cực trong quá trình giải quyết các thủ tục hành chính thuế, nâng cao kỷ cương, kỷ luật và đạo đức tác phong trong giao tiếp, ứng xử với người nộp thuế. Bộ phận một cửa có trách nhiệm tiếp nhận tất cả các yêu cầu như: giải đáp các vướng mắc và hướng dẫn, tư vấn về chính sách thuế; hướng dẫn các thủ tục hành chính thuế; nhận hồ sơ khai và báo cáo thuế; xác  nhận nghĩa vụ thuế; xử lý hồ sơ cấp mã số thuế... Đồng thời, có trách nhiệm chuyển hồ sơ cho các bộ phận chức năng xử lý và hẹn ngày trả kết quả với tỷ lệ hồ sơ giải quyết đúng hạn chiếm 100% tổng số hồ sơ tiếp nhận. Bên cạnh đó, đường dây nóng của Cục Thuế và các đơn vị thuộc Cục Thuế tỉnh cũng đã được công khai để người nộp thuế và nhân dân kịp thời phản ánh những hành vi tiêu cực của cán bộ thuế, qua đó cơ quan thuế có biện pháp xử lý, ngăn chặn kịp thời.

Điểm nổi bật là với phương châm “ lấy sự hài lòng của người nộp thuế làm mục tiêu phấn đấu và nâng cao chất lượng phục vụ”, Cục Thuế tỉnh luôn hướng tới việc nâng cao chất lượng phục vụ người nộp thuế với mục tiêu 3 nhất: Nhanh nhất, thuận lợi nhất; chi phí  thấp nhất. Cục Thuế đã tiến hành rà soát các thủ tục hành chính, các biểu mẫu rườm rà, không cần thiết; đồng thời xây dựng và hoàn thiện hệ thống các quy chế, nội quy của cơ quan, thực hiện nghiêm túc các quy trình nghiệp vụ theo quy định tại Luật quản lý thuế. Đặc biệt là các nội dung sửa đổi, bổ sung của các luật thuế để đơn giản hóa thủ tục hành chính thuế cho doanh nghiệp, như:  việc thực hiện kê khai thuế đã được quy định khai theo quý thay vì phải kê khai theo tháng như trước đây nên đã giảm được 8 lần kê khai và nộp thuế GTGT cho doanh nghiệp (giảm  từ 12 lần/ năm xuống còn 4 lần/năm); giảm được 4 lần nộp tờ khai thuế TNDN tạm tính. Các mẫu tờ khai thuế GTGT đã được đơn giản hóa và giảm bớt các chỉ tiêu kê khai về thông tin, về hóa đơn, chứng từ để doanh nghiệp có thể tự động kết xuất tờ khai từ phần mềm kế toán; bỏ quy định doanh nghiệp phải dùng bảng kê hóa đơn hàng hóa dịch vụ mua vào bán ra; bỏ mẫu 6 về đăng ký phương pháp nộp thuế; rút ngắn thời gian phát hành hóa đơn; rút ngắn thời gian tiếp nhận, trả kết quả theo lộ trình chung của ngành Thuế từ 537 giờ xuống còn 117 giờ. Triển khai kịp thời, nghiêm túc các chính sách miễn, giảm, gia hạn và các chính sách ưu đãi và các chính sách thu hút đầu tư của tỉnh đối với các doanh nghiệp.

Việc thực hiện quy trình ISO 9001: 2008 đã được Cục Thuế thực hiện từ năm 2012 theo nguyên tắc chuẩn hóa quy trình cho phù hợp với từng bộ phận, từng chức năng. Cục Thuế cũng chính là đơn vị tiên phong dẫn đầu trong việc thực hiện quy trình ISO. Thông qua việc thực hiện quy trình ISO, hàng năm Cục Thuế còn rút ngắn thời gian giải quyết thủ tục hành chính so với quy định chung của toàn ngành Thuế. Cụ thể như: Thời gian trả lời chính sách thuế được rút ngắn từ 8 ngày xuống còn 6 ngày làm việc; thời gian giải quyết hoàn thuế trước kiểm tra được rút từ 6 ngày xuống còn 5 ngày làm việc; thời gian giải quyết hồ sơ miễn giảm thuế từ 30 ngày xuống còn 20 ngày làm việc; thời gian thông báo sử dụng hóa đơn đặt in từ 5 ngày xuống còn 2 ngày làm việc; thời gian cấp giấy chứng nhận đăng ký thuế rút từ 2 ngày xuống còn 1 ngày làm việc; thời gian giải quyết hồ sơ ra hạn nộp thuế từ 10 ngày xuống còn 5 ngày làm việc.

Bộ thủ tục hành chính thuế cũng như doanh thu và số thuế phải nộp đã được Cục Thuế niêm yết công khai tại cơ quan thuế và trên website của Cục Thuế nhằm tăng cường sự giám sát của các cấp, các ngành và của người nộp thuế. Đồng thời, thực hiện việc đánh giá sự hài lòng của NNT thông qua việc phát phiếu thăm dò ý kiến đến người nộp thuế. Qua kết quả thăm dò từ người nộp thuế, trong 3 năm gần đây đã có hơn 90% doanh nghiệp hài lòng với cách thức giải quyết công việc, giải quyết thủ tục hành chính của cơ quan Thuế. Đặc biệt năm 2016, qua kết quả khảo sát độc lập của Phòng Thương mại - Công nghiệp Việt Nam (VCCI) phối hợp với Ngân hàng Thế giới, Cục Thuế tỉnh Sơn La được đánh giá đạt loại khá trong 63 Cục Thuế các địa phương trên phạm vi cả nước.

Cải cách thủ tục hành chính về thuế, Cục Thuế luôn nhận được sự đồng thuận của các doanh nghiệp trong việc thực hiện nghĩa vụ với ngân sách nhà nước, tăng số thu ngân sách hàng năm từ 10-20%. Năm 2017, số thu ngân sách địa phương đạt 4.500 tỷ đồng và phấn đấu năm 2018 sẽ đạt mốc 5.000 tỷ đồng. Cơ cấu, chất lượng thu ngân sách ngày càng được cải thiện, đưa số thu tăng nhanh, góp phần hoàn thành các mục tiêu phát triển kinh tế của địa phương.