Theo kết luận thanh tra, trong năm 2023 và 2024, UBND huyện, Chủ tịch UBND huyện Yên Châu và các đơn vị trực thuộc đã có nhiều cố gắng trong chỉ đạo, tổ chức thực hiện nhiệm vụ được giao. Công tác thanh tra; tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng, tiêu cực triển khai cơ bản đúng quy định. Công tác quản lý, điều hành ngân sách cơ bản tuân thủ đúng quy định của pháp luật; các khoản thu ngân sách phát sinh trên địa bàn được thực hiện kịp thời, việc quản lý nợ, thu nợ và xử lý nợ thuế đúng quy trình; chi ngân sách cơ bản đúng nội dung, chế độ, định mức, tiêu chuẩn; chi đầu tư phát triển được ưu tiên, tạo tiền đề cho phát triển kinh tế; các nhiệm vụ chi an ninh quốc phòng, y tế, giáo dục, an sinh xã hội, chi sự nghiệp kinh tế, chi hoạt động thường xuyên của các cơ quan quản lý nhà nước, các cơ quan đảng, đoàn thể được đảm bảo, đúng quy định.

Bên cạnh những kết quả đạt được, Thanh tra tỉnh cũng chỉ ra một số tồn tại, như: Thu ngân sách trên địa bàn chưa đạt chỉ tiêu pháp lệnh; Ban quản lý dự án đầu tư xây dựng, Trung tâm Y tế huyện vẫn còn sai sót trong khâu lập dự toán, nghiệm thu thanh toán đối với một số hạng mục công việc tại 11 công trình với tổng giá trị trên 136 triệu đồng; việc triển khai các chương trình mục tiêu quốc gia còn chậm, giải ngân đạt tỷ lệ thấp.

Thanh tra tỉnh yêu cầu huyện Yên Châu thu hồi nộp vào ngân sách tỉnh số tiền trên 37 triệu đồng tại 6 công trình; giảm trừ trong nghiệm thu thanh toán số tiền gần 78,3 triệu đồng tại 3 công trình do Ban Quản lý dự án đầu tư xây dựng huyện lập dự toán chưa đúng. Đồng thời, yêu cầu Chủ tịch UBND huyện Yên Châu tiếp thu, thực hiện nghiêm túc kết luận thanh tra, xây dựng kế hoạch thực hiện kết luận theo đúng quy định; tổ chức kiểm điểm, chỉ đạo các đơn vị, tổ chức kiểm điểm rút kinh nghiệm đối với tập thể, cá nhân liên quan đến tồn tại, khuyết điểm; tập trung chỉ đạo tổ chức triển khai các chương trình mục tiêu quốc gia theo đúng chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, UBND tỉnh; chỉ đạo các đơn vị được giao chủ đầu tư các dự án, công trình được thanh tra mà tại thời điểm thanh tra chưa hoàn thành, chưa nghiệm thu, thanh toán, quyết toán, tiếp tục quản lý, thực hiện theo đúng quy định. Kịp thời quyết toán, quản lý đối với các dự án, công trình đã hoàn thành đưa vào sử dụng.