Sau Chiến thắng lịch sử Điện Biên Phủ năm 1954, để nhanh chóng khắc phục hậu quả chiến tranh và thực hiện đẩy mạnh công cuộc xây dựng xã hội mới trên vùng đất cao nguyên Mộc Châu, được sự quan tâm của Ủy ban Hành chính khu, Bệnh xá của Châu Mộc Châu được thành lập vào tháng 2 năm 1956 theo Kế hoạch số 567-ZY2/KH, ngày 2/11/1955 của Sở Y tế Khu. Đây là dấu mốc quan trọng đánh dấu sự ra đời, phát triển và trưởng thành của Bệnh viện Đa khoa Mộc Châu.

Ngày đầu thành lập năm 1956, Bệnh xá chỉ với 10 giường bệnh, cơ sở vật chất là 1 nhà tranh, vách đất có 7 phòng vừa làm việc, vừa làm phòng điều trị cho bệnh nhân; chỉ có 8 cán bộ y tế. Trong mỗi giai đoạn lịch sử, với tinh thần đoàn kết, không quản ngại khó khăn gian khổ, tập thể lãnh đạo, cán bộ y, bác sĩ, nhân viên Bệnh viện luôn vượt lên hoàn thành trọng trách của mình. Dù chiến tranh ác liệt, cơ sở vật chất rất nghèo nàn, phòng mổ là hang đá, dựng lán mái tranh giáp sườn núi làm phòng điều trị, phòng thủ thuật, trang thiết bị y tế thô sơ... nhưng tập thể cán bộ, nhân viên y tế Bệnh viện vẫn tổ chức tốt việc túc trực chăm sóc người bệnh không quản ngày đêm, cứu chữa nhiều ca bệnh hiểm nghèo, thực hiện những ca mổ an toàn trong hang, dưới ánh đèn măng sông; tổ chức cấp cứu phòng không, phòng hóa, sẵn sàng phục vụ chiến đấu. Khi đất nước hoàn toàn thống nhất, hậu quả chiến tranh để lại rất nặng nề, có những thời điểm dịch bệnh trên địa bàn diễn biến hết sức phức tạp, tỷ lệ nhân dân mắc bệnh cao, có những năm 15% dân số mắc bệnh sốt rét, 38% dân số mắc bệnh bướu cổ, 3-4 nghìn người mắc bệnh cúm. Đội ngũ thầy thuốc của Bệnh viện Đa khoa Mộc Châu đã phát huy vai trò, trách nhiệm, ngày đêm bám sát cơ sở, kịp thời khống chế, đẩy lùi dịch bệnh và tuyên truyền cho nhân dân các biện pháp phòng, chống dịch bệnh. Đặc biệt, là một bệnh viện thuộc huyện biên giới, hằng năm, Bệnh viện Đa khoa Mộc Châu còn làm tốt nhiệm vụ quốc tế, tổ chức khám chữa bệnh cho nhiều cán bộ, nhân dân nước Cộng hòa DCND Lào, góp phần tăng cường sự đoàn kết, quan hệ hữu nghị hợp tác giữa hai nước Việt Nam - Lào.

Hòa nhịp cùng với sự phát triển của đất nước, dù tên gọi có sự thay đổi theo hệ thống y tế cơ sở, nhưng Bệnh viện Đa khoa Mộc Châu luôn nhận được sự quan tâm của Sở Y tế,  của huyện Mộc Châu, đầu tư xây dựng cơ sở vật chất khang trang, trang thiết bị y tế, tăng cường đội ngũ cán bộ. Đến nay, Bệnh viện có khuôn viên trụ sở làm việc khoảng 2.800m2, trong đó diện tích xây dựng là 2.200m2, đó là khu nhà A 2 tầng xây dựng kiên cố với 1 hội trường lớn và khu khám bệnh, thanh toán viện phí, khu làm việc của Ban Giám đốc và các phòng chức năng; khu nhà kỹ thuật, khu nhà B1, B2, C1, Khoa Dược, Khoa Dinh dưỡng mới liên hoàn các khoa phòng và một số hạng mục đang được nâng cấp xây mới; trang thiết bị y tế hiện đại được tăng cường đầu tư từ nguồn kinh phí của Nhà nước, quỹ phát triển sự nghiệp của đơn vị và bằng nguồn xã hội hóa, đã cơ bản đáp ứng cơ bản điều kiện phục vụ khám, chữa bệnh cho nhân dân. Công tác đào tạo nâng cao trình độ cán bộ được chú trọng, 5 năm qua, đã có thêm 4 thạc sĩ các chuyên ngành và 1 bác sĩ CK2, 2 bác sĩ chuyên khoa cấp I; 5 bác sĩ chuyên khoa định hướng, 19 cán bộ có trình độ đại học các chuyên ngành; 3 cán bộ trình độ cao cấp lý luận và nhiều lượt cán bộ được đào tạo bồi dưỡng ngắn hạn về công tác chuyên môn, quản lý bệnh viện, ngoại ngữ, tin học... Hiện, Bệnh viện có 4 phòng chức năng và 14 khoa lâm sàng và cận lâm sàng; 157 cán bộ viên chức, trong đó, 43 người trình độ đại học, sau đại học 12 người...

Chất lượng khám, chữa bệnh cho nhân dân không ngừng được nâng cao, kết quả hàng năm luôn vượt từ 10-15% so với chỉ tiêu kế hoạch được giao, đặc biệt là từ năm 2013, đã triển khai phẫu thuật nội soi ổ bụng, tính đến nay đã có trên 500 ca thành công và là đơn vị đầu tiên trong tỉnh triển khai kỹ thuật này; triển khai kỹ thuật siêu âm tim, mạch máu và nhiều kỹ thuật khác; cấp cứu thành công hàng nghìn ca bệnh nhân nặng, hiểm nghèo như: Nhồi máu cơ tim, tai biến mạch máu não, ngộ độc các loại, Schok mất máu. Số bệnh nhân đến khám và điều trị tăng lên, từ năm 2011-2015, đã khám cho 198.206 lượt bệnh nhân; điều trị nội trú là 44.785 người; công suất sử dụng giường bệnh trung bình đạt 139%/năm.

Bên cạnh đó, công tác nghiên cứu khoa học được đẩy mạnh, triển khai ứng dụng nhiều kỹ thuật mới vào chẩn đoán và điều trị cho người bệnh. Tăng cường công tác chỉ đạo tuyến chuyên môn, hỗ trợ các trạm y tế về công tác sơ, cấp cứu, khám chữa bệnh thông thường và xây dựng chuẩn quốc gia về y tế xã giai đoạn 2011-2020. Chú trọng công tác kiểm soát nhiễm khuẩn bệnh viện, giữ gìn môi trường bệnh viện. Đẩy mạnh phong trào thi đua yêu nước, thực hiện tốt 12 điều y đức, Quy tắc ứng xử, đổi mới phong cách thái độ phục vụ của nhân viên y tế hướng tới sự hài lòng của người bệnh gắn với thực hiện Chỉ thị số 03 của Bộ Chính trị về tiếp tục đẩy mạnh việc học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh và thực hiện tốt Nghị quyết TW4 khóa XI “một số vấn đề cấp bách về xây dựng Đảng hiện nay”...

Sự phát triển và trưởng thành của Bệnh viện hôm nay, có sự lãnh đạo toàn diện của Chi bộ, Đảng bộ qua các thời kỳ. Từ ngày đầu thành lập chỉ có 3 đảng viên, đến nay Đảng bộ Bệnh viện có 4 chi bộ trực thuộc, 41 đảng viên. Đảng bộ luôn quan tâm lãnh đạo công tác giáo dục chính trị tư tưởng, đào tạo bồi dưỡng lý luận chính trị, quản lý nhà nước, quản lý bệnh viện cho cán bộ quản lý, lãnh đạo và đảng viên; thường xuyên chỉ đạo thực hiện tốt quy tắc giao tiếp ứng xử trong Bệnh viện, nâng cao y đức, cải cách thủ tục hành chính, giảm phiền hà cho người bệnh. Đồng thời, lãnh đạo, chỉ đạo, phát huy vai trò của các tổ chức đoàn thể trong việc vận động cán bộ, đoàn viên thực hiện tốt các phong trào thi đua yêu nước, rèn luyện y đức, lao động sáng tạo, chăm lo đời sống cho đoàn viên. Tích cực tham gia các hoạt động xã hội từ thiện... Với sự lãnh đạo toàn diện, Đảng bộ Bệnh viện được Ban Thường vụ tỉnh ủy tặng cờ “Đảng bộ trong sạch vững mạnh 5 năm liên tục 2005 - 2009”; được tặng Bằng khen “Đảng bộ đạt tiêu chuẩn TSVM tiêu biểu” 3 năm liền 2010-2012; Công đoàn cơ sở Bệnh viện liên tục nhiều năm được Tổng LĐLĐ Việt Nam, LĐLĐ tỉnh tặng Cờ thi đua xuất sắc...

Kỷ niệm 60 năm thành lập, đón nhận Huân chương lao động hạng Nhì, tập thể cán bộ, viên chức Bệnh viện Đa khoa Mộc Châu trân trọng cảm ơn sự quan tâm trong công tác lãnh đạo, chỉ đạo của Bộ Y tế; Tỉnh ủy, HĐND, UBND tỉnh; Sở Y tế; sự quan tâm giúp đỡ của cấp ủy, chính quyền và nhân dân trên địa bàn và đặc biệt là sự đóng góp to lớn của các thế hệ cán bộ, y, bác sĩ, nhân viên qua các thời kỳ. Phát huy kết quả đã đạt được, đội ngũ cán bộ, nhân viên Bệnh viện tiếp tục đoàn kết, năng động, sáng tạo, quyết tâm xây dựng Bệnh viện trở thành bệnh viện đa khoa hạng II có cơ sở vật chất hiện đại, có đội ngũ cán bộ chuyên môn và quản lý đạt trình độ cao trong khu vực, phục vụ tốt nhất yêu cầu công tác bảo vệ và chăm sóc sức khỏe nhân dân.