Theo dự thảo, Trung tâm Y tế cấp huyện là đơn vị sự nghiệp y tế công lập thuộc thẩm quyền quản lý của chính quyền địa phương, có tư cách pháp nhân, có trụ sở, con dấu, tài khoản riêng được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và Ngân hàng theo quy định của pháp luật.

Trung tâm Y tế cấp huyện có chức năng cung cấp dịch vụ chuyên môn, kỹ thuật về y tế dự phòng, khám bệnh, chữa bệnh, phục hồi chức năng, an toàn thực phẩm, dân số và các dịch vụ y tế khác theo quy định của pháp luật.

Đối với những đơn vị hành chính cấp huyện đang có Bệnh viện đa khoa từ Hạng II trở lên đóng trên địa bàn thì Trung tâm Y tế cấp huyện ở nơi đó vẫn thực hiện chức năng khám bệnh, chữa bệnh để thực hiện cung cấp dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh ngoại trú, khám sàng lọc, khám tư vấn, các dịch vụ y tế khác theo quy định của pháp luật và quản lý hoạt động của các trạm y tế xã, phường, thị trấn, phòng khám công lập (nếu có) trên địa bàn.

Trung tâm Y tế cấp huyện thực hiện các hoạt động cung cấp dịch vụ chuyên môn, kỹ thuật về y tế dự phòng; về khám bệnh, chữa bệnh, phục hồi chức năng; về chăm sóc sức khỏe sinh sản; về an toàn thực phẩm; về dân số; thực hiện các xét nghiệm, chẩn đoán hình ảnh và thăm dò chức năng phục vụ cho hoạt động chuyên môn, kỹ thuật theo chức năng, nhiệm vụ của Trung tâm và nhu cầu của người dân; tổ chức thực hiện các biện pháp bảo đảm an toàn sinh học tại phòng xét nghiệm và an toàn bức xạ theo quy định của pháp luật.

Bên cạnh đó, Trung tâm Y tế cấp huyện thực hiện các hoạt động dịch vụ y tế trong phòng chống khắc phục hậu quả thiên tai, thảm họa và đáp ứng trình trạng khẩn cấp về y tế; tuyên truyền, cung cấp thông tin về chủ trương, chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước và tổ chức các hoạt động tư vấn, giáo dục, truyền thông, vận động nhân dân tham gia các hoạt động bảo vệ, chăm sóc, nâng cao sức khỏe, công tác dân số và phát triển trên địa bàn; thực hiện việc tiếp nhận, cung ứng, bảo quản, cấp phát, sử dụng thuốc, phương tiện tránh thai, vắc xin, sinh phẩm y tế, hóa chất, trang thiết bị phục vụ cho hoạt động chuyên môn theo quy định của cấp có thẩm quyền ở địa phương và quy định của pháp luật…

Theo dự thảo, Trung tâm Y tế cấp huyện có Giám đốc và các Phó Giám đốc theo quy định của pháp luật.

Trung tâm Y tế cấp huyện có 5 phòng chức năng: 1- Phòng Tổ chức - Hành chính; 2- Phòng Kế hoạch - Nghiệp vụ (bao gồm cả lĩnh vực quản lý chất lượng, công tác xã hội); 3- Phòng Dân số - Truyền thông và Giáo dục sức khỏe; 4- Phòng Điều dưỡng; 5- Phòng Tài chính - Kế toán.

Các Khoa chuyên môn thuộc Trung tâm Y tế cấp huyện gồm: 1- Khoa Kiểm soát bệnh tật và HIV/AIDS; 2- Khoa Y tế công cộng; 3- Khoa An toàn thực phẩm; 4- Khoa Chăm sóc sức khỏe sinh sản và Phụ sản; 5- Khoa Khám bệnh; 6- Khoa Cấp cứu - Hồi sức tích cực và Chống độc; 7- Khoa Nội; 8- Khoa Ngoại; 9-Khoa Phẫu thuật - Gây mê hồi sức; 10- Khoa Nhi; 11- Khoa Y học cổ truyền và Phục hồi chức năng; 12- Khoa Răng hàm mặt - Mắt - Tai mũi họng; 13- Khoa Xét nghiệm; 14- Khoa Chẩn đoán hình ảnh; 15- Khoa Truyền nhiễm; 16- Khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn; 17- Khoa Dược - Vật tư, thiết bị y tế; 18- Khoa Dinh dưỡng; 19- Khoa Tư vấn và điều trị nghiện chất.

Dự thảo nêu rõ, các đơn vị y tế thuộc Trung tâm Y tế cấp huyện gồm: 1- Trạm y tế xã, phường, thị trấn: Chức năng, nhiệm vụ của Trạm y tế xã, phường, thị trấn thực hiện theo hướng dẫn tại Thông tư số 33/2015/TT-BYT ngày 27/10/2015 của Bộ trưởng Bộ Y tế; 2- Phòng khám công lập (nếu có): Chức năng, nhiệm vụ của Phòng khám công lập do cấp có thẩm quyền quy định trên cơ sở nhu cầu, điều kiện thực tế tại địa phương và theo quy định của pháp luật.